1910年3月，耿毅、何遂受军咨府之命调查中越边防，邀广西陆军小学堂提调冷遹同行，趁调查边防之便，到香港、昆明等地联络黄兴、李根源等革命同志。

1910年8月，耿毅与冷遹、何遂、刘建藩、杨明远和陆军小学堂、陆军干部学堂、学兵营、谘议局等部门的20多名同盟会员在桂林开会，创建了同盟会广西支部。耿毅任首任支部长，并带领大家歃血为盟。广西同盟会支部在南门租了一处房子，成立了“军事指针社”。 后来又租了福裳街2号的房子，作为活动中心，出版《南报》（后改为《南风报》），宣传革命，积极在新军中发展革命组织，在陆军小学堂（陆军小学堂的学生李宗仁也在这时加入了同盟会）、陆军干部学堂、学兵营（1911年4月改为桂林混成协）的新军官兵中就有200多名同盟会员。耿毅又去运动巡防营，联络绿林会党，同广西天地会首领刘古香建立密切联系。

1911年10月，武昌起义后，广西各地同盟会代表开会，决定于10月30日在柳州、桂林、梧州等地同时起义，以响应武昌起义。因30日暴雨成灾，起义军行动被洪水所阻而未能成功。11月初，广西同盟会员到藩台衙门请愿，要求广西独立，响应武昌起义。耿毅代表广西同盟会支部两次同布政使王芝祥谈判，达成“广西独立，新军北伐”的协议。巡抚沈秉坤召集司道会商，被迫接受独立要求。11月7日革命新军入城，广西宣告独立，选举原巡抚沈秉坤为广西军政府都督，王芝祥、陆荣廷（原提督）为副都督。

广西光复后，新军改称民军。此时南下镇压革命的清军已占领汉口、汉阳，广西同盟会支部决定以民军混成协和广西学生军北伐敢死队（主要是陆军小学堂的学生）组成广西援鄂军出师援鄂，原广西陆军干部学堂总办赵恒惕任协统（即旅长）、冷遹任帮统（即副旅长）、耿毅任参谋长，率领广西援鄂军出师北伐。广西援鄂军从桂林北出全州，经湖南永州、衡州到长沙，与湖南独二协组成湘桂联军，广西都督沈秉堃任联军总司令。湘桂联军沿湘江入洞庭湖，12月25日到金口登陆，担任武汉右翼军，渡江追击清军，南北和议停战后驻孝感。

1912年3月，耿毅和广西副都督王芝祥率军开往南京，任中华民国南京临时政府陆军第三军参谋长（王芝祥任军长）。袁世凯当临时大总统后，耿毅于1912年5月随王芝祥到北京，很受袁的欣赏和信任。1912年10月11日，中华民国北京政府授予耿毅陆军少将军衔。

1913年春，王芝祥和耿毅被袁世凯派往江西调停，袁世凯于1913年2月亲笔写了四条密令交给耿毅：一、汪瑞闿到省长任（汪瑞闿是袁派到江西的省长，被江西水巡总监蔡锐霆赶走）；二、枪支不发（指李烈钧为扩充江西军力在日本购买的七千支枪，在九江被海关扣下，又被蔡锐霆夺回）；三、蔡锐霆、陈廷训重办；四、李烈钧下野。王芝祥和耿毅到江西后，王芝祥见调停不成而离开，耿毅接任九江镇守使，耿毅的副官周壁阶任九江镇守使卫队改编的第9团团长。

1913年7月，耿毅协助李烈钧在湖口发起“二次革命”，讨伐窃国大盗袁世凯，李烈钧任江西讨袁军总司令，耿毅任参谋长。7月17日，周璧阶率领第9团向袁军进攻时，为激励部下斗志，举着指挥刀冲锋在最前面，不幸中弹英勇牺牲。讨袁失败后，耿毅随孙中山、黄兴、李烈钧等流亡日本。

1914年，孙中山在东京组织中华革命党，并派中华革命党党员回国发动讨袁革命。黄兴、李根源、李烈钧、耿毅、林虎等辛亥革命和二次革命功臣不肯加入。李根源纠合李烈钧、钮永建、陈炯明、冷遹、林虎、程潜、耿毅等人在东京组织欧事研究会，推黄兴为领袖（其时黄兴在美国），实际上与中华革命党对立。后赴新加坡，在南洋开展活动。李烈钧、耿毅等人后来觉悟，仍拥护孙中山，成为孙中山的好朋友和亲密战友。

1915年10月从南洋回国，在上海从事反袁活动，负责与北方革命党人的联络工作。1916年随陈炯明在广东参加护国战争。1917年张勋复辟，督军团解散国会，孙中山先生赴粤护法，耿毅追随孙中山在广州大元帅府工作。1919年3月6日，孙中山领导的中华民国广州护法军政府授予耿毅陆军中将军衔。1922年，耿毅参加北伐，陈炯明叛变后，随孙中山赴上海。1925年，耿毅在冯玉祥的国民三军任总参议。

1928年耿毅因为蒋介石独裁专横，和石友三密谋倒蒋。石友三部在浦皖发动起事，失败后石军退往河南，而耿毅在沪被捕入狱，被蒋介石关押了两年。

1947年12月，耿毅被选为中华民国第一届监察委员。他关心国家的前途和民族的命运，常和他的老朋友成铭斋（在保定陆军军官学堂经耿毅介绍加入同盟会，是耿毅在辛亥革命时的老部下，与中共有联系）密商如何与共产党合作，为我党我军解放北平做好准备。

1948年秋天，辽沈战役打响后，人民解放军对北平（北京）也形成包围态势。耿毅不负党的重托，出面做他的侄子，时任国民党军第五补给区总司令耿幼麟及其部下的策反工作。要求他们必须认真看管好保养好全部武器弹药及一切军用物资，在蒋军溃败时坚守岗位，不得毁坏盗窃一枪一弹一件物资，不得逃跑。耿毅另一个侄子耿潮，是国民党军第五补给区北平永定门军需仓库的负责主官，专门负责给国民党军九十二军供应武器弹药及军需物资。耿潮被耿毅策反后，还说服并成功策反了驻守永定门的国民党142师师长王凤岐等，计划等解放军一旦发动进攻就打开城门里应外合一举解放北平。耿毅曾动员傅作义就地起义，为北平和平解放起到一定的推动作用。

新中国成立后，耿毅曾任河北省人民政府委员、文史馆馆长、河北省人民代表大会代表、政协河北省委员会常务委员、民革河北省副主委等职。1960年病逝，享年79岁。

题图系耿毅先生为杨澄甫《太极拳体用全书》题词